Als Polygenie bezeichnet man die Beteiligung mehrerer Gene an der Ausprägung eines bestimmten biologischen Merkmals.

Komplementäre Polygenie
Bei der komplementären Polygenie bestimmen die beteiligten Genpaare unabhängig voneinander jeweils ein Teilmerkmal, und ergänzen sich so in ihrer Wirkung. Fehlt ein Genpaar, wird das Gesamtmerkmal nicht ausgeprägt.

Additive Polygenie
Bei der additiven Polygenie wirken verschiedene Genpaare bei der Ausbildung eines Merkmals zusammen und addieren sich in ihrer Wirkung. Fehlt ein Genpaar, wird das Merkmal trotzdem ausgeprägt – nur schwächer.

Zur Polygenie gehören einfache Merkmale wie die Größe, aber auch komplexe Merkmale wie Verhalten oder bestimmte Erkrankungen.

Ein Beispiel aus der Farbgenetik: Die Intensität des Phäomelanin wird von mindestens fünf Loki kontrolliert. Die MFSD12 Varianten sowie die Kopienanzahl auf dem Chromosom 15 des KITLG-Gens bestimmen die Ausprägung des Phäomelanin, also die Farbintensität der Farbe „falb“.