Auch im homozygoten Zustand sind rezessive Gene im Phänotyp nicht immer sichtbar oder können sich in unterschiedlichem Ausmaß bemerkbar machen. Man spricht dann von unvollständiger Penetranz oder Expressivität.
Ein Beispiel dafür ist die Degenerative Myelophatie (DM). Als Risikofaktor für die Entwicklung einer DM wurde eine Mutation im Exon 2 des SOD1-Gens bei vielen Rassen nachgewiesen. Aber nicht jeder homozygote Hund entwickelt eine DM im Laufe seines Lebens.

Auch dominate Gene können mit unvollständiger Penetranz/Expressivität vererbt werden.